Les microorganismes font partie intégrante de notre environnement, qu’ils soient considérés comme « positifs » lorsqu’ils sont utiles, ou « négatifs » lorsqu’ils sont dangereux. La maîtrise des micro-organismes dans les bio-industries relève donc de deux problématiques complémentaires :
•    Maîtriser l’utilisation des flores microbiennes positives pour la production de produits fermentés (à la base de 40% de notre alimentation) et des bioproduits,
•    Maîtriser la qualité microbiologique des aliments pour fournir aux consommateurs des produits de qualité sanitaire irréprochable. Les changements récents de la réglementation obligent les industriels à adapter leurs systèmes de contrôle microbiologique, combinant une détection fiable des pathogènes et le suivi d’indicateurs de qualité microbiologique permettant de prévenir l’augmentation de la contamination à un niveau inacceptable.

 Il convient donc à tout ingénieur des bio-industries de connaître les principales flores positives assurant les transformations microbiennes, ainsi que les flores pathogènes et/ou d'altération, les méthodes de surveillance et de maîtrise qui leur sont associées.

 

Ainsi, l'UE vise une acquisition d'outils et de connaissances sur :

- les microorganismes impliqués dans les principales transformations microbiennes ainsi que sur les conditions et contraintes de mise en ½uvre industrielle des processus microbiologiques pour l'obtention d'aliments fermentés et de bioproduits,

- les principaux microorganismes pathogènes et d'altération des produits alimentaires, la mise en évidence des points critiques d'un procédé par rapport au danger microbien, et la mise en application des critères microbiologiques.