Le domaine d’approfondissement est divisé en quatre thématiques principales abordant des objectifs de gestion, des échelles spatiales et temporelles, des outils et des niveaux de perturbations des milieux variés :

• La gestion conservatoire des espèces et des écosystèmes sensibles est abordée par l’analyse et la proposition de mesures de gestion d’un espace à fort enjeu patrimonial (réserve naturelle, zone spéciale de conservation du réseau Natura 2000…).
• Les impacts potentiels des changements d’occupation du sol sont traités par l’analyse d’études d’impact et la restauration des milieux artificialisés.
• L’impact du changement climatique est étudié sous un angle technique qui permet de fournir aux étudiants les outils quantitatifs d’analyse en vue de la gestion à long terme des espèces et des milieux naturels
•  La gestion de l'eau, des zones humides et des milieux aquatiques est menée par une approche à l'échelle du bassin versant. En lien avec les miltiples acteurs impliqués, ils'agit d'identifier les enjeux, les analyses et les mesures de gestion à proposer pour assurer des services écosystémiques optimaux.
  

  Les modules abordent chaque année des espaces ou des exemples nouveaux dans le cadre de problématiques réelles et sont réalisés en partenariat avec les acteurs professionnels et administratifs concernés.