L’objectif de cette UC est d’apporter les connaissances  sur les potentialités naturelles des micro-organismes, les voies métaboliques et leurs régulations d’une part, et d’autre part,  sur les exigences nutritionnelles et les conditions environnementales optimales pour l'expression de la propriété fonctionnelle intéressante, de façon à sélectionner des souches microbiennes, maîtriser une production et imaginer des procédés innovants.
Cette UC présentera des fonctionnalités de quelques grands groupes microbiens (levures, bactéries lactiques, moisissures, autres bactéries….), les méthodes d’étude des relations gènes-fonction, et les méthodes de caractérisation de propriétés fonctionnelles. 
L’état cellulaire des microorganismes étant un point important pour l’expression des fonctionnalités, un chapitre sera consacré à la caractérisation de l’état cellulaire et de l’activité des microorganismes. La pédagogie comportera des cours, des conférences, des TP-TD et une visite d’entreprise. Ces modalités seront adaptées en fonction des conditions sanitaires ; en particulier des TP sous forme virtuelle seront réalisés si nécessaire afin d'apporter aux étudiants au mieux les compétences décrites.