2.12.9 (577)

Mise en situation professionnelle - 1AC-MI 27- Phytobiome : Phytobiome : sol, microbiote, plante et climat comme système fonctionnel

Domaine > Domaine Productions durables, filières, territoires, Domaine Gestion et ingénierie de l'environnement.

Descriptif

DESCRIPTIF : Face aux défis des changements climatiques et de la réduction des intrants, la transition agroécologique des productions végétales exige des modèles résilients et durables, fondés sur les services écosystémiques. Or, les plantes se développent dans des conditions environnementales complexes, impliquant des communautés d’organismes, des facteurs abiotiques et des pratiques culturales dans le contexte de la production végétale. Le terme « phytobiome » englobe toute cette complexité : il comprend la plante elle-même, tous les micro- et macro-organismes vivant dans, sur ou autour de la plante (microbes, animaux, insectes et autres plantes), ainsi que l’environnement (le sol, l’air, l’eau, les conditions météorologiques et le climat). Dans le cadre de la transition agroécologique de la production végétale, la notion de phytobiome est cruciale, car elle offre un cadre holistique pour repenser la santé et la productivité des plantes et des écosystèmes végétaux.

L'objectif du module intégratif "Phytobiome : sol, microbiote, plante et climat comme système fonctionnel" est d'initier les étudiants aux différentes composantes du phytobiome ainsi qu'aux méthodes d'étude associées à celles-ci.

Pour cela les étudiants vont :
1) Produire une analyse intégrative d'échantillons de plantes et de sols provenant de différents de systèmes de cultures contrastés
2) Identifier des lacunes dans les connaissances sur le rôle respectif et l'interaction entre les composantes du phytobiome
3) Concevoir des expérimentations permettant de tester les hypothèses produites par une analyse bibliographique

Objectifs pédagogiques

Les objectifs seront :
1) Acquérir des connaissances scientifiques sur le rôle des communautés microbiennes associées aux plantes, des communautés microbiennes et de la mesofaune du sol, des interactions entre plantes dans la gestion des maladies et de l'impact du microclimat sur la physiologie végétale.
2) Mettre en œuvre des méthodes expérimentales pour analyser les communautés microbiennes du sol et des plantes ainsi que les caractéristiques physico-chimiques d'un sol
3) Formuler une hypothèse à l'issu d'une analyse bibliographique et concevoir un plan d'expérimentation permettant de la tester

72 heures en présentiel

effectifs minimal / maximal:

8/20

Diplôme(s) concerné(s)

UE de rattachement

Format des notes

Numérique sur 20

Pour les étudiants du diplôme Ingénieur AgroParisTech

Pour les étudiants du diplôme Accueillis IAE forestiers (élèves de l'Institut Agro Dijon)

Le rattrapage est autorisé (Max entre les deux notes)
  • le rattrapage est obligatoire si :
    Note initiale < 10

Le coefficient de l'UE est : 1

Programme détaillé

1-Introduction du module
Introduction du module, Concept de phytobiome, impact des pratiques culturales sur la physiologie des plantes

2-Apports de connaissances sur le phytobiome

-Microbiote des plantes (E. King)
-Rôle de la mésofaune du sol dans la fertilité des sols (S. Barot, UMR IEES)
-Rôle des microorganismes dans la pédogénèse et le cyclage des éléments (L. Domeinoz-Horta, UMR ECOSYS)
-Interactions plante-plante dans la gestion des maladies (L. Mathieu, Université de Zurich)
-Impact du microclimat sur la physiologie des plantes (Plusieurs options : B. Loubet, UMR ECOSYS ; R. Puga Freitas, UMR IEES)

3-Travaux pratiques (8 demi-journées)

-Échantillonnage de plantes et de sol sur les parcelles expérimentales de "La Cage" (UMR Agronomie)
-Extraction d'ADN, amplification PCR, génération de librairies de séquençage Nanopore
-Interprétation d'analyse metabarcoding
-Analyse physico-chimique du sol (mesure de pH, respiration, compaction, activités enzymatiques)
-Inventaire de la macrofaune du sol

4-Analyse bibliographique et conception expérimentale
2 demi-journées de recherche bibliographiques accompagnées
1 demi-journée de mise en commun des recherches bibliographiques, formulation des hypothèses et conception des expérimentations

Evaluation
Rapport de TP (individuel)
Soutenances orales (en groupe, présentation analyse bibliographique, formulation des hypothèses, présentation du plan expérimental)

Support pédagogique multimédia

Oui

Veuillez patienter