logo
v2.11.0 (5306)

Enseignement scientifique et technique - 1AA-STAT-UC-Gen : Génétique et statistiques appliquées

Descriptif

La génétique, qu'elle soit mendélienne, des populations ou quantitative est basée sur la modélisation probabiliste et sur l'utilisation des statistiques pour tester des hypothèses et estimer des paramètres. Les cours-TD intégrés de ce module visent à apporter les bases en génétique qui permettent de proposer des hypothèses explicatives des variations observées dans les populations naturelles ou artificielles, d'apprendre à tester ces hypothèses et à estimer des paramètres en adéquation avec les hypothèses émises. Les tests d'hypothèse et les estimations de paramètres sont réalisés grâce aux notions acquises dans le cours de statistiques.

Objectifs pédagogiques

Emettre et tester des hypothèses en cohérence avec un jeu de données. Estimer des taux de recombinaison, construire une carte génétique. Modéliser l'évolution de populations sous l'effet du hasard et de la sélection. Comprendre les principes de la sélection artificielle. Mobiliser des connaissances en mathématiques, statistiques, informatique pour comprendre les bases des raisonnements en génétique de la variation des caractères simples ou complexes.

24 heures en présentiel

24 heures de travail personnel estimé pour l’étudiant.

effectifs minimal / maximal:

/30

Diplôme(s) concerné(s)

UE de rattachement

Pour les étudiants du diplôme Ingénieur AgroParisTech

Bases en statistiques élémentaires (moyenne, variance, covariance, corrélation, notions de test et de risque, test du Chi2, test de student, régression) et loi de probabilités courantes (Bernouilli, binomiale, normale, Chi2, student).

Format des notes

Numérique sur 20

Pour les étudiants du diplôme Ingénieur AgroParisTech

Vos modalités d'acquisition :

Suivre les cours TD et refaire les exercices en autonomie à l'issue de chaque cours. Revenir au cours suivant avec des questions sur les points non compris et/ou des demandes de précisions.

Examen sur ordinateur dans un fichier de type Excel.

Le rattrapage est autorisé (Max entre les deux notes)
  • le rattrapage est obligatoire si :
    Note initiale < 6
  • le rattrapage peut être demandé par l'étudiant si :
    Note initiale < 12

Le coefficient de l'UE est : 1

Programme détaillé

 Génétique mendélienne : Disjonction mono-factorielle : étude de cas, test d'hypothèse. Disjonction à deux locus indépendants : étude de cas, test d'hypothèse. Disjonction à deux locus liés : étude de cas, test d'hypothèse, estimation du taux de recombinaison (estimation en F2 par maximum de vraisemblance). Génétique des populations (restreinte à 1 locus): Fréquences géniques et génotypiques, estimations. Régimes de reproduction, équilibre de Hardy-Weindberg, test d'hypothèse. Les pressions évolutives, modélisation de la dérive (utilisation de la loi binomiale, interface graphique), établissement de l'équation analytique retraçant l'évolution d'une population sous sélection (interface graphique), étude de cas. Interface graphique pour visulaliser sous différents scenarios les effets cumulé -de la dérive et de la sélection-, -de la dérive et de la migration-, -de la dérive,de la sélection et de la migration-, -de la dérive et de la mutation neutre-. Génétique quantitative : de la variation discrète à la variantion continue, sources de variations, décomposition de la variance phénotypique, estimation de paramètres. Ressemblance parents-enfants : estimation de paramètres sur jeux de données (application des notions de corrélation et régression), modélisation de la réponse à la sélection (via la régression).

Mots clés

Génétique mendélienne, Carte génétique, Génétique des populations, Sélection, Dérive génétique, Génétique quantitative, Modélisation, Prédiction, Tests d'hypothèse

Méthodes pédagogiques

Cours-TD intégrés basés sur des supports interactifs conçus sous excel
Veuillez patienter