Les cours permettront d'aborder à la fois les différentes notions associées à la propagation d'agents pathogènes : - notion de taux de reproduction de base du parasite et de prévalence - modes de transmission (direct/indirect, vertical/horizontal, densité-dépendant/ fréquence-dépendant, …) - immunisation, temps de latence - prise en compte de l'espace : vague d'infection - résistance/virulence, coévolution et les aspects méthodologiques : - méthode d'étude des systèmes dynamiques (équilibre, stabilité locale) - modèles structurés en âge ou en classes d'âge - modèles de diffusion. Les séances de travaux dirigés permettront aux étudiants de se familiariser avec les éléments vus en cours. Les exercices proposés lors de ces séances prendront plusieurs formes : - constructions et études analytiques de modèles - simulations avec les logiciels Populus et Matlab - analyses d'articles basés sur des cas concrets Enfin, des chercheurs viendront présenter des travaux concernant la modélisation de la propagation de maladies infectieuses chez les végétaux et les animaux. Ces conférences permettront non seulement aux étudiants d'avoir une illustration concrète, dans le cadre de recherches fondamentales ou appliquées, de l'utilisation des concepts et des outils vus en cours et en TD, mais aussi de découvrir d'autres façons d'aborder la modélisation en épidémiologie (modèles individu-centrés, réseaux de Pétri, …)